Es a principios del siglo XVI, estando a cargo de la sede de San Pedro Su Santidad Julio II (1503-1513), cuando tiene lugar, según la tradición, la llegada a Sevilla (1511) de la Sra. Teresa Enríquez, conocida como “La Loca del Sacramento” que acompaña a la corte del Rey Fernando el Católico y su esposa Germana de Foix. Dicha dama porta la Bula “Pastoris Aeternis” expedida en Roma el 21 de Agosto de 1508 por el citado Pontífice, concediendo privilegios especiales a las Cofradías Eucarísticas que se van instituyendo bajo el patrocinio de tan ilustre dama, dando lugar a la fundación de distintas corporaciones entre las que cabe destacar la Archicofradía del Santísimo Sacramento del Sagrario de la Santa Iglesia Catedral de Sevilla. Con estos antecedentes y teniendo en cuenta la pertenencia de Huelva a la Archidiócesis Hispalense no está fuera de lugar la fundación de una Hermandad Sacramental en nuestra villa.
Se constituye canónicamente en 1536, siendo aprobadas sus reglas por el Arzobispado el 23 de octubre de dicho año, según consta en la Relación de Cofradías y Patronatos fundados en esta Parroquia de San Pedro, de fecha 5 de abril de 1821. No existen datos sobre Juntas, ni sobre cargos que pudiesen haber formado parte de las mismas en los primeros años de su existencia, pero sí existen referencias a personas que pertenecieron y ocuparon cargos en la Cofradía del Santísimo Sacramento de San Pedro, documentadas por D. Diego Díaz Hierro y citadas por José Mora Breva en el referido libro. Así, en el libro “Huelva y el apóstol Santiago” de Díaz Hierro, se cita a D. Domingo Alonso Cordero (1620) que confiesa pertenecer, entre otras, a la Cofradía del Santísimo Sacramento. Así mismo, y en citas del mencionado Díaz Hierro, se hace referencia (1636) al Presbítero D. Fernando Díaz Rojas como Mayordomo de la Cofradía del Santísimo de San Pedro y en otra (1659) a D. Luis Dantes Bermejo, Licenciado y clérigo de órdenes menores que es nombrado Mayordomo de la Cofradía de su Divina Majestad, el Santísimo Sacramento, sita en la Parroquia Mayor de San Pedro de esta Villa. Igualmente se hace notar por las antedichas citas que la Hermandad debió tener un gran dinamismo en los primeros años de su existencia.

El siglo XVII debió ser de intensa actividad de la Hermandad Sacramental en cuanto a la organización de los cultos al Santísimo Sacramento y Corpus. También se supone una gran actividad en el aspecto social como se deduce de los legados que recibe la Hermandad, llegando incluso a poseer tierras de olivos. Al mismo tiempo que aumenta el fervor y la suntuosidad de procesiones y cultos, también crecen los actos de tipo profano que al ir ampliando su grado de libertad de expresión y desenvoltura se impone una censura por parte del clero, llegándose a prohibir alguna representación. A lo largo del siglo XVIII, Huelva es azotada por una serie de catástrofes naturales, como huracanes y terremotos, que sin lugar a dudas afectan considerablemente en la vida de sus ciudadanos. Igualmente, la Parroquia de San Pedro, sede de la Hermandad Sacramental, sufre las consecuencias de estos hechos viéndose repetidamente afectada y necesitada de reconstrucción en diversas ocasiones: Cae derribado el campanario a consecuencia de un gran vendaval que asoló la costa, en octubre de 1722; el terremoto de 1755 destroza la torre en noviembre de dicho año; en 1758 un nuevo vendaval ocasiona graves desperfectos en la bóveda desplomándose el testero de la Capilla Mayor, que se ve nuevamente dañada en 1763. Es de suponer que también la existencia de instituciones como la corporación Sacramental de San Pedro se vea ampliamente perjudicada. Aun así, y en documentos referenciados en el citado libro, se tiene noticia de que ocupara el cargo de Mayordomo don Juan Lino de Torres. De la misma fuente se sabe que es Mayordomo el cura D. Thomas Blanco y son hermanos de la misma los señores: Lcdo. D. Luís Dante Bermejo, D. Domingo Caro Millán, D. Gaspar Martín de Casares, D. Gaspar Fernández Pocasangre, D. Diego Joseph Ferro de Abreu, D. Andrés Arias, D. Francisco Maldonado, D. Juan Alonso Villalobos, D. Francisco López Machado, D. Gaspar Ramírez de Paredes, D. Manuel Tirado de Mendoza, D. Miguel de Lara y D. Miguel Ladrón de Guevara.
La llegada del nuevo siglo tampoco aporta a la Hermandad buenas perspectivas, ya que la desamortización de Mendizábal (1835) afecta sensiblemente a todas las asociaciones de carácter religioso por lo que desaparecen muchas hermandades o dejan de tener vida activa, hasta que años más tarde vuelven a renacer gracias a los piadosos deseos de hermanos y devotos.
Así ocurre en la Venerable Hermandad Sacramental de la Iglesia Parroquial de San Pedro en la que con fecha 15 de enero de 1843 se produce su reorganización después de tres siglos adorando y venerando al Santísimo Sacramento. Esta reorganización se produce cuando Huelva disfruta de su recién estrenada capitalidad.
En la fecha indicada se nombra una comisión con el objetivo de redactar las Instrucciones por las que ha de regirse la Hermandad en adelante. Esta comisión la forman los siguientes señores:
- D. Francisco Ramos Carrasco, Presbítero (Capellán)
- D. Francisco de Paula Munis, Presbítero (Hermano Mayor)
- D. José de la Corte, Coadjutor primero
- D. Juan González y Díaz, Coadjutor segundo
- D. Francisco Rufete, Coadjutor tercero
- D. Francisco Izquierdo, Coadjutor cuarto
- D. Cristóbal Moreno, Secretario primero
- D. Francisco González Picón, Secretario segundo
- D. Antonio Maestre, Conciliario primero
- D. Antonio Moreno, Conciliario segundo
- D. Rafael Suárez, Mayordomo
- D. Francisco de Paula Martínez, Muñidor y Maestro de Ceremonias.
Estos miembros de la Junta Directiva, primera tras la reorganización, permanecen en sus cargos hasta el año 1855 en que se produce una reestructuración siendo nombrado Hermano Mayor D. Francisco González Picón y Secretario D. Alejandro Cano.
De estos años se tiene constancia de las personas que llevan la responsabilidad de dirigir la Hermandad Sacramental. Así, en abril de 1860 figura como Hermano Mayor, D. José Mª Pinto González; como Secretario Primero, D. Enrique Gómez Robles; como Mayordomo, D. José Mª Ribero, y como Muñidor, D. Manuel Suárez. En los años siguientes, en la Junta se van sucediendo los lógicos cambios de sus dirigentes.

En 1874 ocupa nuevamente el cargo de Hermano Mayor D. José Mª de la Corte y Hernández. Se autoriza a adquirir codales para las procesiones del Corpus y de Octava, ya que se venían utilizando los prestados por la Hermandad del Santo Entierro. Así mismo se aconseja adquirir una nueva insignia para ser portada por el Hermano Mayor, habida cuanta que la actual se encuentra muy deteriorada.

Los años 1877 y 1878 son testigos del litigio existente entre la Hermandad Sacramental y los Arciprestes a los que se les reclama las cantidades que en su día dispuso el presbítero Antonio Jacobo del Barco se debían entregar a la Hermandad para el culto al Santísimo, cantidades que, aunque han sido percibidas, no han sido cedidas a la Hermandad ni se ha rendido cuenta de ellas. El Mayordomo, Sr. Gómez Jaldón, da cuenta de las gestiones realizadas ante los Arciprestes exigiéndoles los derechos que corresponden a la Hermandad. Del mismo modo se hace llegar escrito a S.S. el Papa Pio IX requiriendo se le reconozca a la Hermandad que lleva más de un siglo dando culto al Santísimo Sacramento. Con fecha 7 de abril de 1878 se da a conocer el reglamento aprobado por el Sr. Arzobispo el 20 de marzo anterior (archivo parroquial), en el que se reconoce los derechos que corresponden a la Hermandad. Se prorroga la Junta hasta conseguir ingresar los fondos que obran en poder de Arciprestazgo y Cabildo, autorizándose al Mayordomo D. Antonio Gómez Jaldón a realizar cuantas gestiones precise en nombre de la Hermandad.
En el mes de marzo de 1887, la Hermandad se propone adquirir un paso para la Santísima Virgen del Rosario para la procesión del Corpus, pero posteriormente se acuerda en el mes de mayo destinar los fondos conseguidos para un monumento y tratar de buscar otros recursos para la adquisición del aludido paso.
El comienzo del nuevo siglo, cuando la devoción al Señor de Pasión se va enriqueciendo, gracias a la nueva ubicación de la Imagen en la Parroquia, nace la obra de los Sagrarios-Calvarios, según una lápida de mármol del Sagrario que dice: “Aquí, el 4 de marzo de 1910 nació la obra de las tres Marías y de los discípulos de San Juan para los Sagrarios-Calvarios hoy extendida por el mundo universo, dedica este recuerdo de gratitud y de amor a su fundador el Arcipreste de Huelva, después Obispo de Málaga y Palencia, Excmo. y Rvdmo. Sr. D. Manuel González García e implora al corazón eucarístico de Jesús que se digne bendecir a esta ciudad de Huelva y a la Pía Unión de los Sagrarios-Calvarios”. Es de suponer que la Hermandad Sacramental hubiese tenido una participación muy activa en tal acontecimiento.
En el año 1919 componen la Junta Directiva los siguientes señores: Hermano Mayor, D. Antonio García Morales; Mayordomo, D. Manuel Moreno de la Corte; Secretario, D. Sebastián Mora Morales; Conciliario 1°, D. José J.Cano, figurando como presidente D. Julio Guzmán López. Durante su mandato se restauran 4 faroles y el lábaro, se dora el viril de la Custodia y se estrena palio. Se requiere de Dª Ana Núñez la carta de donación de la Custodia, obsequio de S.M. la Reina Isabel II, que indebidamente tiene en su poder.
Años más tarde (1924) y tras haber sido reelegido como Hermano Mayor D. Antonio García Morales, éste dona a la Hermandad unos respiraderos de plata para el paso de la Custodia y surge el proyecto de hacer otro paso para la Virgen del Rosario.
Es en 1938, bajo la presidencia de D. Julio Guzmán López, cuando el 15 de febrero de dicho año, se reúne la Hermandad Sacramental para elegir nueva Junta Directiva. Son nombrados los siguientes señores: D. Alejandro Cano Rincón, Hermano Mayor; D. Genaro Hernández, Mayordomo; D. Rafael de Estrada, Secretario 1º; D. Luis Gras Arriaga, Secretario 2º; D. Francisco Jiménez, Diputado 1º, y D. Rafael Corona, Diputado 2º. Se levanta acta de la sesión en la cual se informa de la destrucción de todos los enseres en los acontecimientos acaecidos en el asalto a la Parroquia de 1936. Acuerdan adquirir varas al orfebre Sr. Seco.
Con fecha 7 de junio de 1941 se reúne la Junta Directiva de la Hermandad Sacramental y se elevan propuestas por parte de los señores Estrada y Gras con la intencionalidad de procesionar en el Corpus la imagen de la Stma. Virgen del S. XVI que se venera en la Iglesia de la Merced y la del Santo Patrón San Sebastián, obra reciente del escultor Enrique Pérez Comendador. Días más tarde se reúne nuevamente con el objetivo de evaluar el acto y es felicitada la Hermandad por parte del Párroco por la brillantez de la procesión con la incorporación de las mencionadas imágenes.

El 14 de mayo de 1942, la Hermandad Sacramental renueva la Directiva. Se observa que varios miembros de la Junta de la Hermandad Sacramental ocupan cargos en la Hermandad de Pasión, lo que nos hace considerar la estrecha relación existente entre ambas corporaciones y el deseo continuado de los pasionistas de rendir culto al Santísimo Sacramento. Ante la propuesta del Sr. García Sandón, Hermano Mayor de Pasión, manifestando el deseo de que esta Hermandad forme parte de la Sacramental de San Pedro, transmitiendo la aspiración de que ésta pertenezca a la Hermandad del Santísimo Sacramento con el fin primordial de dar culto a la Sagrada Eucaristía, se acuerda aceptar a la Hermandad de Pasión “como un Hermano de la Sacramental, teniendo la consideración de Agregada a la Sacramental de San Pedro”.
En el mes de enero de 1943, y a propuesta del Sr. Estrada se organizan actos con motivo del Centenario de la reorganización de la Hermandad Sacramental. El 16 de enero se levanta acta extraordinaria del centenario en la que se hace constar la satisfacción por la colaboración de todos en el mayor esplendor de lo actos.
El día 17 se organiza una procesión en la cual se estrena palio, que junto a la Custodia que ha lucido en los días del Triduo celebrado, ha sido donado por el pueblo de Huelva, devotos y hermanos de la Hermandad. Una nueva situación de crisis en las actividades de la Hermandad hace que no figuren más datos los próximos años.
Es ya en 1951 cuando la Hermandad de Pasión, en su deseo y vocación sacramental, se reúne en Junta General Extraordinaria el 1 de abril con el objetivo de lo expuesto, como Agregada de Sacramental de San Pedro. Días más tarde (11 de abril), tras su larga inactividad, la Hermandad Sacramental celebra Junta a la que asisten D. Julio Guzmán, el Hermano Mayor D. José Cano, el Mayordomo D. Jenaro Hernández (Miembro de la Junta de Gobierno de Pasión), el Secretario D. Rafael Estrada y los hermanos (todos miembros de la Junta de Gobierno de la Hermandad de Pasión) D. Francisco Arias, D. Inocencio Ruigómez, D. Rafael Clares y D. Francisco Martín.

Esta Junta estudia y acuerda aceptar la petición de fusión de las dos hermandades realizada por la Hermandad de Pasión, teniendo en cuenta que viene siendo filial de la Sacramental desde 1942. Ante tal logro, se ven cumplido los deseos de los pasionistas de ver unidos los venerables símbolos del Amor Divino y de la Redención Humana: El Cáliz de Salvación y la Cruz de la Entrega de Nuestro Señor Jesucristo.
Esta nueva Institución que nace como única Cofradía asume y disfruta de las prerrogativas y privilegios de ambas corporaciones, así como ha de cumplir las obligaciones y tareas propias de las dos Instituciones fusionadas. Aun sin haber recibido local del día 23 de mayo de 1951 una nota informativa del Sr. Arcipreste en la que se da cuenta detalladamente de estos acontecimientos, indicando que la nueva Hermandad pasará a denominarse “Archicofradía del Santísimo Sacramento y Real e Ilustre Hermandad de Nazarenos de Nuestro Padre Jesús de la Pasión y María Santísima del Refugio”.
El jueves 24 se celebra el Corpus Christi y la procesión del Santísimo Sacramento, estando su organización y desarrollo del protocolo a cargo de la Junta de Gobierno de la Hermandad de Pasión. Días más tarde, tiene lugar la celebración de un Solemne Triduo durante los días 8, 9 y 10 de junio en honor del Santísimo Sacramento en acción de gracias por la fusión de las Hermandades Sacramental y de Pasión, tras haber pedido la autorización correspondiente al arzobispado, así como para el orador sagrado que es D. Diego Guzmán Pavón, Párroco de San Roque de Sevilla. En las recordatorias que se entregan a hermanos y devotos aparece el Título previsto para la nueva corporación. Finalizan los cultos de acción de gracias con Santa Misa por la mañana y procesión claustral por la tarde portando el Santísimo nuestro querido Arcipreste D. Julio Guzmán López, participando en estos cultos los sacerdotes D. José Muñoz Blanco, D. Juan de la Cruz Bocardo y D. Alejandro Cano Rincón.
En el mes de mayo del año siguiente se reúne la Junta Directiva de la Hermandad Sacramental en la que D. Julio Guzmán informa que tras los inconvenientes surgidos en la fusión de las dos Hermandades, ésta no se ha conseguido, quedando de nuevo segregadas y por consiguiente, y con el deseo de reorganizar de nuevo la Sacramental, se elige una nueva Junta de Gobierno.
En febrero de 1954, siendo ya una realidad la creación de la Diócesis de Huelva que tuvo lugar mediante la bula papal de S.S. Pío XII Laetamur Vehementer, la Hermandad Sacramental renueva su Junta Directiva. Se propone esta nueva Junta la adquisición de un nuevo palio y un guion, así como la restauración de otros enseres propios de la Hermandad. Ya en 1955, la celebración del Triduo tiene lugar durante los días 9 al 11 de junio. La predicación del mismo corre a cargo del Párroco de la nueva Parroquia de Los Dolores de nuestra ciudad, D. Ildefonso Fernández Caballero. Al año siguiente celebra el Triduo en la Infraoctava con procesión por la feligresía.
En 1957, la Hermandad Sacramental recibe del Cabildo Catedral oficio agradeciendo la colaboración en la organización del Corpus. En 1958, el día 31 de enero, la Hermandad Sacramental celebra Junta a la que asiste el Coadjutor D. José Muñoz Blanco y en la que se da cuenta de la Bendición Papal concedida por el Santo Padre S.S. Pío XII a la Hermandad. Posteriormente, en el mes de mayo, la Junta acuerda celebrar solemnemente el Domingo de Infraoctava siendo invitado el Maestro de Capilla de la S.I. Catedral Reverendo D. José María Roldán Fernández. Asimismo se acuerda celebrar la procesión con el Santísimo por las calles de la feligresía.
El Triduo del presente año es predicado por el Rvdo. Padre D. Emilio Conde de los P. Paúles. Al año siguiente, la Hermandad Sacramental, estando presidida por D. Manuel Suárez Cáceres, celebra el habitual Triduo al Santísimo durante los días 28 al 30 de la Eucaristía con Procesión Claustral.
Del 11 al 14 de mayo de 1961 tiene lugar el Congreso Eucarístico, celebrándose, entre otros actos Vigilia de la Adoración Nocturna, a la que asiste la Sacramental, con bendición del monumento a D. Manuel González “El Vicario”. Aun no teniendo actividades a partir de 1962, en 1965, y tras dimisión del Hermano Mayor y Secretario, se nombra una nueva Junta de Gobierno que preside D. Antonio Fernández Contioso, siendo Secretario D. Manuel Roméu Martín. Esta Junta celebra una última sesión con fecha 13 de octubre de 1965 en la que se hace constar que hay 106 hermanos, pero que la Hermandad no recibe ninguna colaboración.

El Libro de Actas queda en poder del Sr. Secretario y al no reconocerse ninguna actividad a partir de esta fecha, se compromete a su entrega al Hermano Mayor electo en 1987 en la Hermandad de Pasión al producirse en esta fecha la fusión definitiva y adquirir, según decreto del Sr. Obispo, el carácter de Sacramental. El Sr. Roméu Martín entrega al Sr. Mata Sánchez el citado Libro de Actas de la Sacramental, el cual lo hace llegar al Párroco de San Pedro D. Felipe Fernández Caballero, que lo entrega para su custodia a la Hermandad de Pasión y adquirir, según decreto del Sr. Obispo, el carácter de Sacramental.